Waldperlach entstand und wurde geprägt durch das ehemalige Dorf Perlach. Bis etwa 1900 waren dort, wo heute die Häuser von Waldperlach stehen, nur stiller Wald und verträumte Heide, in früheren Jahren oft Schauplätze höfischer Jagden.

Als 1904 die Bahnlinie vom Ostbahnhof zum Mangfalltal gebaut wurde, begann langsam die Besiedelung. 1928 konnte in Neubiberg die Rosenkranzkönigin-Kirche durch H.H. Kardinal Faulhaber eingeweiht werden, der die damaligen wenigen Waldperlacher zugeteilt wurden.

Aufgrund des starken Anwachsens der Bevölkerung in Waldperlach wurde Pfarrer Karl Maria Harrer 1963 beauftragt, eine eigene Pfarrgemeinde in Waldperlach unter dem Patronat des heiligen Bruder Klaus von der Flüe zu gründen.

Am 1. Juni 1969 konnte die Pfarrkirche samt Kindergarten von H.H. Kardinal Döpfner eingeweiht werden. Gründungspfarrer war Karl Maria Harrer, der bis 1996 insgesamt 33 Jahre hier als Seelsorger wirkte und das geistliche Fundament gelegt hat.